抗原検査スワブは、SARS の配列決定用の鼻咽頭スワブに相当します

Scientific Reports volume 13、記事番号: 11255 (2023) この記事を引用

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ウイルスゲノム監視は、SARS-CoV-2 パンデミックへの世界的な対応に不可欠です。 監視の取り組みは、進行中の検査活動からの代表的な臨床検体の入手可能性に依存しています。 しかし、最近では迅速抗原検査が広く利用可能となり使用されているため、検査方法が変化しており、将来のモニタリングの取り組みにギャップが生じる可能性があります。 したがって、ゲノム監視戦略は、サンプルの種類に応じて堅牢な研究室のワークフローを組み込むように適応する必要があります。 そのために、陽性の BinaxNOW COVID-19 抗原カード綿棒からのサンプル (N = 555) を使用した RT-qPCR およびウイルスゲノム配列決定の結果を、核酸増幅検査に使用された鼻咽頭 (NP) 綿棒から得られたサンプル (N = 555) と比較します。 135）。 我々は、抗原カードから得られたスワブの性能がNPスワブからのサンプルと同等であることを示し、実行可能な代替手段を提供し、外来診療所や迅速な抗原検査が頻繁に使用されるその他の環境へのウイルスゲノム監視の潜在的な拡大を可能にします。

2019 年のコロナウイルス感染症（COVID-19）は、新たな変異株の追跡、感染の理解、ウイルスの進化と疾患疫学の変化との関連付け、診断ツールの設計と評価、ワクチンの有効性の予測を目的とした継続的な検査とウイルスゲノム監視の公衆衛生上の重要な役割を浮き彫りにしました。ウイルスの多様性の背景1、2。 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス 2 (SARS-CoV-2) によって引き起こされる COVID-19 は、世界中で約 7 億 6,000 万人の感染者と 690 万人の死亡者をもたらしたと世界保健機関 (WHO) が報告しています3。 パンデミックを通じて SARS-CoV-2 のゲノムが進化したことにより、感染力、重症度、免疫回避能力が向上した新しい変異株が継続的に出現しました4、5、6。 2020 年 1 月に最初の SARS-CoV-2 ゲノム配列が公開されて以来 7、1,500 万を超える配列が全インフルエンザ データ共有グローバル イニシアチブ (GISAID) データベースを介して共有され、700 万を超えるヌクレオチド配列が国立研究センターに寄託されています。バイオテクノロジー情報 (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/) から 2023 年 5 月 29 日まで。 SARS-CoV-2 ウイルスの進化を監視する前例のない取り組みにより、ウイルスに対するアプローチが永久に変わりました。世界中で病原体ゲノム監視を行っています。

SARS-CoV-2 ゲノム配列決定アプローチは、核酸増幅検査 (NAAT) による陽性診断サンプルに最も広く適用されています。 ゴールドスタンダードであり最も広く使用されている NAAT は、リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応 (RT-PCR) です。 ウイルスシークエンシングアプローチとRT-PCRはいずれもウイルスゲノム物質を直接増幅するため、収集方法、試薬、下流プロトコルが重複しており、ゲノム監視に有用なアプローチとなっています。 パンデミックの初期にはRT-PCRが最も広く使用されていたため、これは効果的なアプローチでした。

しかし、パンデミックの過程で検査の状況は急速診断検査 (RDT)、最も一般的には抗原ベースの側方流動検査 (LFT) へと大きく変化しました。 現在、世界中で 400 を超える SARS-CoV-2 の市販 RDT が存在し 9,10、米国では緊急使用許可 (EUA) を通じていくつかの抗原ベースの LFT が店頭での家庭用検査として認可されています 11。 抗原ベースのアッセイは、PCR 増幅ステップを行わずに、特定のウイルスタンパク質またはウイルスを直接検出します12。 学校、診療所、家庭環境で幅広く応用できる LFT の多用途性により、LFT の使用が大幅に増加しています。 さらに、新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の検出率を高めるため、米国は LFT を通信販売で自由に入手できるようにし、その後 2022 年 3 月時点で 2 億 7,000 万個を超える検査キットを配布しました13。 抗原ベースの LFT の感度は NAAT より比較的低く、特にウイルス量が低いまたは無症候性感染の場合9,14,15,16,17,18; ただし、症状のある個人に対して発症から 5 ～ 7 日以内に使用した場合、この検査は 99.2% の感度と 100.0% の特異度を達成できます 19。 NAAT と比較した場合、LFT は RT-qPCR Ct 値 ≤ 33 サイクルに相当するウイルス量で良好に機能します20、21、22。